庚申塚は境内の南側の沿道にあります。制作年はおそらく享保8年（1724年）。塔石にそう刻まれています。千駄ヶ谷をはじめ渋谷区一帯にある庚申塚は1700年代に建てられているそうで、当社にあるものもその一つだと考えられます。庚申は更新とも捉えられたため、昔は不幸なことが続くと世がよくなるようにと庚申塚を作ったとされています。また、足腰健康のご利益があるとされており、多くの人が草鞋を奉納しています。2回の移転があり現在の場所に落ち着いていますが、昔から千駄ヶ谷三丁目の有志の方々が中心となり大切に守り続けられています。毎年４月29日に庚申塚の祭礼が行われています。