末社とは神社の境内にある小さな社で、当社にはそれぞれ別の御祭神を祀っている三つの末社が建てられています。
甲賀稲荷社
御祭神 宇迦之御魂神（うかのみたまのかみ）
江戸時代に甲賀組（現在の滋賀県である近江国の甲賀地方出身者が所属していた江戸幕府の組織）が崇敬していたのが甲賀稲荷社です。元々、青山権田原（明治神宮外苑）の御鉄砲場付近に鎮座していましたが、明治18年に青山練兵場設置のため、当社境内に遷座されました。昭和20年5月の戦災で社殿を焼失し、しばらく本殿の中に八幡神宮、諏訪大神とともに祀られていました。その後、復興を望む声が高まり、昭和45年に欅造りの社殿が作られ、再び境内に遷座されました。
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冨士浅間神社
御祭神 木花咲耶姫命（このはなさくやひめのみこと）
東京都指定有形民族文化財に指定されている冨士塚の山頂には、浅間神社の奥宮、山麓には里宮が奉祀されています。昭和60年6月、稲田御影石造りの社殿に建て替えられました。
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神明社（千駄ヶ谷太神宮）
御祭神 天照大神（あまてらすおおかみ）
江戸時代の初期に関東地方の疫病を治めるため、青山権田原（明治神宮外苑）に祀られていました。当社に祠を作り祀った時期もありましたが、再び青山権田原に戻されています。その後、明治41年11月に当社の末社として境内に遷座されました。